1999年7月,肖文荪调任国家经济贸易委员会,任办公厅正处级秘书,并在3年后成为国家经济贸易委员会办公厅助理巡视员。
2002年,肖文荪结束了他12年的中央部委工作时光,被任命为广西壮族自治区人民政府办公厅副主任 、党组成员,并先后担任过广西壮族自治区统计局局长、广西壮族自治区人民政府国有资产监督管理委员会主任等职务。
2013年2月,肖文荪被选为柳州市市长。北青报记者查询发现,在担任市长以来,关于他的公开报道并不多见。今年9月30日,柳州柳城县发生爆炸事件,事发后,肖文荪曾跟柳州市有关部门赶赴现场指导开展救援、原因调查、善后处理等工作。