可是不几年，何云还是离开了总统府，其原因有二：一是因为扮蒋介石太像了，连宋美龄也经常弄错，惹了一些不必要的麻烦;二是何云的国语讲不准，带有难懂的方言。
抗战胜利后，何云奉令回杭州隐居。他多次写信给蒋介石和陈立夫，请求恢复公职。可是，一直杳无回音。何云直到病逝前还感慨：“我当过‘委员长’，可是委员长不认我了!”1947年9月，何云病逝于故乡建德县，终年61岁。
