事实上，在相关部门的管理职能方面，同样存在改革不完整的痕迹。

　　2012年5月，国家安全生产监督管理总局通过《危险化学品经营许可证管理办法》，规定取得港口经营许可证的港口经营人，在港区内从事危险化学品仓储经营，不需危险化学品经营许可证。这是杨栋梁就任国家安监总局局长后签署的第一份法规。在杨栋梁被调查后，该法规被质疑是为天津港项目开绿灯。

　　一位要求匿名的公务人员告诉记者，这实际上只是理顺管理程序的一个调整而已。“当时的放权只是为了配合这种管理上的调整，为了迎合大部制改革，把所有港口方面的管理都交给交通运输部。”

　　资料显示，交通运输部于2012年末出台了《港口危险货物安全管理规定》，接管了安监总局释放的监管职能。